次期间BLAST评分来选择或排除序列。Р 注:*(1)PSI-BLAST —位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐,从这个对齐,一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索数据库,以找到额外的显著对齐,这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。BLAST是目前常用的数据库搜索程序,它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写,意为“基本局部相似性比对搜索工具”[Altschul, 1990, 1997]。国际著名生物信息中心都提供基于Web的BLAST服务器。РBLAST算法本身很简单,它的基本要点是序列片段对(segment pair)的概念。所谓序列片段对是指两个给定序列中的一对子序列,它们的长度相等,且可以形成无空位的完全匹配。BLAST算法首先找出代查序列和目标序列间所有匹配程度超过一定阈值的序列片段对,然后对具有一定长度的片段对根据给定的相似性阈值延伸,得到一定长度的相似性片段,称高分值片段对(high-scoring pairs, HSPs)。这就是无空位的BLAST比对算法的基础,也是BLAST输出结果的特征。Р5.figure2Р 在两个假定的序列中合适和不合适的例子。有三种情况:Р(a)对比对I-I 和I-L不协调因为链一的同一个氨基酸与链二的两个氨基酸同时比对。Р(b)对比对P-P 和A-A是符合的,p在链1中a的右方但p在链2中在a的左方Р(c)比对I-I 和P-P是合适的。脯氨酸都在异亮氨酸的右方。Р优点与缺点Р在CASP4 中 ESyPred3D服务器共对14个目标蛋白进行了预测Р一、优点Р对于有Alpha螺旋片段与Beta 折叠交替结构的蛋白质的3D预测结果较好,与同类服务器相比有一定优势。Р例如:
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