意义用于描述一组序列之间的相似性关系,以便了解一个基因家族的基本特征,寻找motif,保守区域等。用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近,应用到分子进化分析中。其他应用,如构建profile,打分矩阵等。同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系,和blast的局部匹配搜索不同,多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程,特别是序列数目多,且序列长的情况下。多序列比对的方法多序列比对的方法基本上多序列比对可以分为1.手工比对(辅助编辑软件如bioedit,seaview,Genedoc等)通过辅助软件的不同颜色显示不同残基,靠分析者的观察来改变比对的状态。2.计算机程序自动比对通过特定的算法(如同步法,渐进法等),由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。自动多序列比对的算法1.同步法将序列两两比对时的二维动态规划矩阵扩展到三维矩阵。即用矩阵的维数来反映比对的序列数目。这种方法的计算量很大,对于计算机系统的资源要求比较高,一般只有在进行少数的较短的序列的比对的时候才会用到这个方法。自动多序列比对的算法2.步进法最常见的就是clustal所采用的方法。其基本思想就是基于相似序列通常具有进化相关性的这一假设。Clustal的渐进比对过程在比对过程中,先对所有的序列进行两两比对并计算它们相似性分值,然后根据相似性分值将它们分成若干组,并在每组之间进行比对,计算相似性分值。根据相似性分值继续分组比对,直到得到最终比对结果。在比对过程中,相似性程度较高的序列先进行比对而距离较远的序列添加在后面。多序列比对工具?-clustalClustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由HigginsD.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx等。
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