上机三实验报告Р【实验名称】Р多序列比对与分子进化分析。Р【实验目的】Р了解多序列比对的主要方法和系统发育树的构建的主要方法,学会使用CLustalX、 MUSCLE进行多序列比对和使用MEGA构建系统发育树。Р【实验原理】Р利用互联网和网站,综合搜索信息,进行多序列比对。Р【实验内容】Р使用MEGA,构建酪蛋白家族CASA1(13个物种)的系统发育树。序列数据:来自13个物种的酪蛋白家族序列(根据检索号自行下载)Р【实验步骤】Р思路:Р1、根据检索号查找序列文件Р2、导入序列文件Р3、进行比对Р4、分析结果Р5、生成系统发育树Р具体操作:Р根据检索号查找序列文件Р在GeneBank中搜索文件编号。Р下载序列文件。Р全部下载完成。Р将序列文件导入MEGA4。Р将文件从文件夹添加的方式逐一导入Р执行多序列比对Р全选后,点击比对Р设定参数。Р对比完成,保存结果。Р结果编辑窗口(编辑后将其关闭)。Р如图显示,可以用四种方式进行建树:邻接法(N-J)构建进化树、最小进化法构建进化树、MP一致性树、构建UPGMA进化树。Р【实验结果】Р邻接法(N-J)构建进化树Р最小进化法构建进化树РMP一致性树Р构建UPGMA进化树Р【实验分析】Р通过本次实验,基本掌握多序列对比的诸多方法,并可通过其相似性构建关系树,使之形象的变现出亲缘性来,相信本次实验会对日后的学习和研究带来诸多便利。
全文预览
