多种生物中一致。是利用共同的遗传标记(主要是分子标记、基因的cDNA克隆以及基因组克隆)对相关物种进行物理或遗传作图,比较这些标记在不同物种基因组中的分布情况,提示染色体或染色体片段上的同线性(synteny)或共线性(collinearity),从而对不同物种的基因组结构及基因组进化历程进行精确分析。基因组比较作图的研究,不仅提示了同属甚至同科物种基因组间的同源性和差异性,对不同物种在起源、演化过程中的变化的研究具有巨大的启示作用。比较作图的研究意义在于:一、根据不同种的基因组基因及其排列顺序的高度保守特点绘制而成的比较图,可以研究和探明它们的进化线索。广泛的比较作图可为多个种所用,建立它们之间的联系框架或系统。软件Mauvehttp://genome.lbl.gov/vista/index.shtmlVISTA的假设是地球上所有物种都有一个共同的祖先,从这个祖先开始以数状形式发展,通常称为生命之树(treeoflife)。分子进化研究的目的:通过序列同源性的比较,分析序列间的变化进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。分子进化有两个主要研究对象,以全基因组序列为研究对象分析物种进化;以某基因在多个物种的同源序列为研究对象分析基因的进化分子进化间枝条根末端分支节点理论上,一个DNA序列在物种形成或基因复制时,分裂成两个子序列,因此系统发育树一般是二歧的;如果是一棵有根树,则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都有联系的分类单元,反映时间顺序;如果找不到可以作为树根的单元,则系统发生树是无根树,反映距离;从根节点出发到任何一个节点的路径指明进化时间或者进化距离。系统发生树性质:化分析步骤(1)以目的基因为种子序列,搜索其在其它物种中的同源序列)将上述同源基因的核酸或蛋白序列作序列比对,ClustalX)构建系统发生树:MEGA,PHYLIP,PAUP/
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