转录组测序技术的应用及发展综述

分子测序等更新的测序技术, 以及使用更长的读段来增加测序深度和覆盖度[16] ; 其三, 目前的高通量测序技术大都需要较多的样品起始量, 这使得来源极为有限的生物样品分析受到限制, 因此如何对单细胞或少量细胞进行转录组测序是一个亟待解决的问题。最近这方面的研究也取得了一定进展,如 Tang 等[17] 建立了一种 mRNA-Seq 方案,它以 PCR 为基础扩增单个细胞的 mRNA 转录组,成功分析了取自小鼠四细胞胚胎时期的单个卵裂球的转录组。然而该方法只能捕捉带有 poly(A) 尾巴的 mRNA , 也不能检测绝大多数较长的 mRNA( 大于 3 kb) 的5′末端, 同时也不能保留原转录子的方向信息。除此之外还有一些新的针对低数量细胞进行转录组研究的技术正在不断被开发[18] 。最后,标准的 RNA-Seq 技术不能提供序列转录的方向信息, 而这对于转录组注释尤为重要,采用 single-strand sequencing [19] 和 strandspecificsequencing [20] 技术能很好的解决这一问题, 或将成为 RNA-Seq 技术发展的一个重要方向。虽然 RNA-Seq 技术还面临着种种困难, 但作为一个刚刚起步的新技术 RNA-Seq 已经显示出其他转录组学技术无可比拟的优势:既能提供单碱基分辨率的转录组注释又能提供全基因组范围的“数字化”的基因表达谱, 而且其成本通常比芯片和大规模的 Sanger EST 测序要低, 有人甚至提出了 RNA-Seq 最终取代基因芯片的猜测。然而就目前来看, 作为两个高通量的转录组学研究技术, 在应用的某些方面既存在重叠和竞争也存在优势互补, 一种技术能弥补另一种技术遗漏的部分, 通常对一个生物学问题的回答需要不同实验技术的协同配合,例如序列捕获(Sequence Capture) 技术就是结合了芯片和深度测