能测得低表达丰度的基因、实验效率高,但要选择合适的标签序列,如果出现基因和标签之间的非特异性,将容易产生分析错误。Р(3)RNA 测序技术(RNA-seq)Р该技术首先将细胞中的所有转录产物反转录为cDNA文库(利用最新的SMS技术可略去这一步,直接对RNA进行测序[20]),然后将cDNA文库中的DNA随机剪切为小片段(或先将RNA片段化后再转录),在 cDNA 两端加上接头利用新一代高通量测序仪测序,直到获得足够的序列,所得序列通过比对(有参考基因组)或从头组装(denovoas-sembling,无参考基因组)形成全基因组范围的转录谱。Р2.3.2 应用Р(1)SAGE技术能够同时检测到大量的基因转录本,一个测序反应可得到40个左右标签序列。同时,由于SAGE技术的灵敏度很高,可以检测出低丰度表达的基因,所以通过该技术不仅能够很全面的获得基因表达的数目、表达丰度等信息。因此,SAGE技术是一种预测基因数目和发现新基因的有效途径。SAGE还可用于在不同生理状态、不同环境、或不同生长阶段的细胞或组织的基因表达图谱构建,对不同状态下基因表达水平的定量或定性比较。目前,通过SAGE技术对疾病组织与正常组织的基因表达差异的进行比较应用较多,而且己发现了许多在癌症组织中上调表达的基因。这些上调基因,尤其那些是在正常组织中不表达或少量表达的基因,很可能成为有用的肿瘤诊断和预测指标或潜在的治疗位点。Р(2)MPSS一方面可提供某一cDNA在体内特定发育阶段的拷贝数,另一方面还可测定出相应cDNA 17 bp的序列,所以这就为在转录水平上进行基因表达分析提供了强有力的定性和定量手段,很明显,这一技术首先可以应用于不同丰度基因的差异表达分析,制作基因转录图谱,这无疑将加速新基因克隆和基因功能的分析。MPSS所获得的基因序列可提供PCR引物,可通过比较Gen Bank EST 数据库等进行
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