以程序自动地把分子分为若干个碎片,从有生物活性化合物中得到的碎片作为有活性的,无生物活性化合物得到的碎片则为无活性的,形成一个分子碎片的数据库。然后用回归法对碎片和生物活性进行相关性分析,建立定量关系式,并以此对新化合物进行定量预测。Р8Р假想受点点阵(Hypothetical Active Site Lattice,HASL)Р该方法先计算出相似或不同类型配体构象的优势构象,将最低能量的配体分子结构置于一个规则正交的三维网格,由用户指定一个理化性质,比如疏水性或电荷密度等,加于三维网格中作为第四维,计算网格中点阵的所有能量值,然后与每个分子的生物活性相关联,得到假象的受体点阵模型。对某一分子而言,其对应分子点阵与复合点阵所共享点的局部活性的加和,即为该分子的预测活性。Р9Р距离几何法(Distance Geometry Methods, DGM)Р距离几何法认为,药物与靶点相互作用是通过药物的活性基团和受体结合部位相应的结合点直接作用实现的。? 药物的活性高低可以通过其活性基团和受体结合点的结合能来衡量。Р基本步骤:? (1)定义分子中可能的作用位点;? (2)计算分子的距离矩阵,用原子的距离矩阵得到分子作用位点的距离矩阵;? (3)定义靶点结合位点的分布,其相对位置也用距离矩阵来表示;? (4)确定靶点结合位点的分布,通过靶点和药物的距离矩阵来确定最佳的结合模式及靶点结合位点的空间分布。Р位点定义主观性大?计算繁琐Р10Р10Рparative Molecular Field FA),是QSAR研究领域中的一个重大贡献。Р该方法分析药物分子周围的作用势场分布,把势场与药物分子的生物活性定量的联系起来,用以推测靶点的某些性质,并可依此建立其作用模型来设计新的化合物,定量的预测其活性强度。Р比较分子场分析方法?(Comparative Molecular Field FA)
全文预览
