nger方程来表示，通过求解Schrodinger方程可以得到分子体系的结构和性质?量子力学的计算方法：?从头计算；?密度泛函理论；?半经验计算方法Р第四页，共六十五页。РРР量子力学方法的特点：?计算结果精确度高，限于计算机的计算能力，能够计算的体系小?从头计算方法：100个原子；半经验计算：1000-10,000个?目前，生物大分子体系还不能只用量子力学方法模拟，但与分子力学和分子动力学结合后发展了一些新的方法Р第五页，共六十五页。РР分子力学Р分子力学是一种近似处理方法 ?忽略电子的运动，将体系的势能看作是原子核位置的函数?力场：分子体系的势能函数 ?分子的势能 = 键伸缩能 + 键角扭曲能 + 扭转势能 + 非键相互作用项Р第六页，共六十五页。РРР函数形式和参数?力场是经验的?“原子”的定义?特点：?针对局域能量极小，不是整个系统?能够计算含有大量原子的体系?简单有效，目前应用得最广泛Р第七页，共六十五页。РР分子动力学Р分子动力学是建立在牛顿力学基础上的一种分子模拟方法?将分子体系的运动看作是在势能面中质点的运动，求解运动方程可得到体系中所有原子的轨迹，从轨迹中可计算得到各种性质Р第八页，共六十五页。РРР特点：可以搜索很大的构象空间，模拟时间在纳秒级?应用?分子模型的动力学变化研究?大分子体系低能构象的模建?X射线晶体学和NMR中的结构优化Р第九页，共六十五页。РР第一节 生物大分子的计算机模拟Р生物大分子的计算机模拟方法?比较建模(comparative moddeling method); 反向折叠法 (inverse folding or threading); 从头预测法 (ab initio prediction method)?蛋白质三维结构的模建?核酸结构的模拟Р第十页，共六十五页。
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