如何查找一个基因的启动子序列-UCSCGenomeBioinformaticsSite

s)和低复杂性区域(http://repeatmasker.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker)。一般来说,在将基因预测方法应用于核苷酸序列之前,需要去掉或掩饰这些成分。Р回到视图显示的例子,可以看到大多数路径返回了几乎同样的基因预测结果。作为一个规则,通过多种方法预测的外显子提高了预测的正确率而不会出现“假阳性”结果。多数方法显示3′端非翻译区,以左侧大而短的块状表示。Acembly路径显示除了全长序列产物(如这个部分第3条线所示)之外还有3个可能的选择性剪接,其它大多数路径显示与此预测结果相符。Genscan路径从左、右方向往远处延伸:GENSCAN可以被用于预测多个基因。Р尽管这些图解概要很有用,然而研究者更需要与这些垂直线或块状相对应的序列。以此为例,用РFgenesh++预测作为获得原始序列数据的基础,但不管选择哪个路径其步骤都是一样的。点击标有Fgenesh++ Gene Predictions的路径,出现的是一个描述预测的概要页面。Р序列的区域与pendrin基因相似(从这个例子一开始就已经知道了)。给出了序列的大小及序列开始和结束的预测,并显示预测是以负链为基础的。想要获得序列,点击Genomic Sequence。使用者将被带到一个标题为Get Genomic Sequence Near Gene的查询页面,在这个页面上,可以获得转录物、编码区、启动子或转录物加启动子的序列。Р点击Transcript返回的页面显示完整的转录子,外显子以大写字母表示。Р点击Coding Region Only得到的是编码区,外显子以大写字母表示。Р点击Transcript + Promoter,返回的页面显示的是在上述选择Transcript所获序列的5′端添加了启动子序列,以大写字母表示外显子。启动子的长度显示在文本框内。