的匹配,不适合远源关系待搜索核酸序列与核酸数据库比较 Blastx 核苷酸(已翻译) 蛋白质适合新 DNA 序列和 EST 序列的分析将待搜索核酸序列按 6 个读框翻译成蛋白质序列, 然后与数据库中的蛋白质比较 TBlastn 蛋白质核苷酸(已翻译) 适合寻找数据库中尚未标注的编码区将数据库中核酸序列按6 个读框翻译成蛋白序列, 然后与待搜索蛋白序列对比 TBlastx 核苷酸(已翻译) 核苷酸(已翻译) 适合分析 EST 序列无论是待搜索核酸序列还是数据库中核酸序列, 都按 6 个读框翻译成蛋白序列 3. 生物类的数据库类别: 一级数据库:数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释; 二级数据库: 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果, 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。 4. PSI-Blast 的原理: PSI-BLAST 是一种将双序列比对和多序列比对结合在一起的数据库搜索方法。其主要思想是通过多次迭代找出最佳结果。每次迭代都发现一些中间序列,用于在接下去的迭代中寻找查询序列的更多疏远相关序列(拓展了序列进化关系的覆盖面积)。具体做法是最初对查询序列进行 BLAST 搜索, 接着把查找得到的每一击中项作为 BLAST 搜索第二次迭代的查询序列,重复这个过程直到找不到有意义的相似序列为止。(以下为研究生课件部分) PSI-BLAST 的基本思路在于根据最初的搜索结果, 依照预先定义的相似性阈值将序列分成不同的组, 构建一个位点特异性的序列谱,并通过多次迭代不断改进这一序列谱以提高搜索的灵敏度。利用第一次搜索结果构建位置特异性分数矩阵, 并用于第二次的搜索, 第二次搜索结果用于第三次搜索, 依此类推, 直到找出最佳搜索结果。此外, BLAST 不仅可用于检测序列对数据库的搜索,还可用于两个序列之间的比对。
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