CpG岛,使用Gardine-Garden和Frommer描述的方法SpliceView:是对一段序列进行剪接位点的分析即其中的受体和供体位点Genscan:是一种从头分析工具ORFfinder:workpromoterprediction:神经网络启动子预测是另外一种分析启动子的方法22)试述SWISS-PROT中的数据来源。答:(1)从核酸数据库经过翻译推导而来;(2)从蛋白质数据库PIR挑选出合适的数据;(3)从科学文献中摘录;(4)研究人员直接提交的蛋白质序列数据。23)TrEMBL哪两个部分?答:(1)SP-TrEMBL(SWISS-PROTTrEMBL)包含最终将要集成到SWISS-PROT的数据,所有的SP-TrEMBL序列都已被赋予SWISS-PROT的登录号。(2)REM-TrEMBL(REMainingTrEMBL)包括所有不准备放入SWISS-PROT的数据,因此这部分数据都没有登录号。24)试述PSI-BLAST搜索的5个步骤。答:[1]选择待查序列(query)和蛋白质数据库;[2]PSI-BLAST构建一个多序列比对,然后创建一个序列表谱(profile)又称特定位置打分矩阵(PSSM);[3]PSSM被用作query搜索数据库[4]PSI-BLAST估计统计学意义(Evalues)[5]重复[3]和[4],直到没有新的序列发现。25)试述蛋白质三维结构预测的三类方法(1)同源建模,(1)同源建模方法:对于一个未知结构的蛋白质,找到一个已知结构的同源蛋白质,以该蛋白质的结构为模板,为未知结构的蛋白质建立结构模型,序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型;(2)在已知结模板的序列一致率小于25%时,使用折叠识别方法进行预测;(3)在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。P178-18126)列举5种常用的系统发育分析软件P115
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