进一步提示CoV的跨物种传播的进化特性。近年,从蝙蝠体内不断分离出新的冠状病毒,提示病毒的跨物种对人类存在着持续威胁【8,9】。2012年另一种新的导致人严重疾病的中东呼吸综合征冠状病毒(MiddleEasternRespiratorySyndromeCoronavirus,MERS.CoV)被发现,对其溯源研究发现其可能来源于蝙蝠冠状病毒,而且在中东单峰骆驼体内也发现了具有中和MERS.CoV的抗体,提示其可能来源于蝙蝠或者与人类密切接触的骆驼等哺乳动物【l0。12】,再次强调了对CoV分子进化机制研究的重要性。基因突变和重组是病毒进化采用的两种重要策略【l31。同种属的病毒常采用相同的进化机制实现持续流行,如肠道病毒属成员多采用重组的方式实现进化【14,15]。为了明确CoV的分子进化机制及动物来源的冠状病毒跨种传播机制,目前采取的研究策略包括:(1)研究筛查动物体内CoV的组成、进化特点及其感染人类的可能性;(2)系统深入分析人间流行的冠状病毒的分子进化特点和机制,从而获得CoV种系进化特征,为综合评价病毒的跨种传播趋势和预警提供数据支持。但是由于对CoV的研究基础非常薄弱,目前对其变异机制的了解十分有限。本课题拟通过对课题组前期积累的近八年的HCoV-OC43阳性的呼吸道样本中病毒基因序列的获取,通过系统种系进化分析,初步获得HCoV-OC43在我国的分子流行及进化特点,为进一步明确CoV进化的通用的分子机制提供数据参考。以下将简述HCoV的基本结构,重点介绍HCoV-OC43的研究背景,冠状病毒的种系进化研究进展及本研究所采用的计算方法和意义。一、HCoV的基本特征1病毒的分类及基因组结构根据基因组特点CoV被分成四个属(a,p,丫和6)(参见图1),目前感染人的CoV分属于n(HCoV-229E,NL63)属和B(HCoV-OC43,HKUl,SARS—CoV和
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