府督促百姓捕捉蝗虫交给官府,孙觉说:“百姓正难以吃上饭,难以用威势来督促他们。如果用米来交换,(他们)一定尽力,这样做可以除去祸害而得到利益。”州太守听后感到高兴,推广他的办法下达到其他县。王安石很早就和孙觉交好,推荐任用他。当时吕惠卿掌权,神宗向孙觉咨询,孙觉回答说:“吕惠卿善辩而有才能,超过常人几等,但为了利益的缘故,委屈自身于王安石,王安石不明白,我私下为他担忧。”神宗说:“我也怀疑这件事。”后来王安石、吕惠卿果然交恶。青苗法推行,孙觉上奏分条陈述青苗法荒诞。王安石看了,非常生气,孙觉正好因为有事到中书省,王安石用言语动摇孙觉,说:“没想到学士你也这样!”开始有了驱逐孙觉的想法。恰逢曾公亮说京都近旁县的青苗钱,有追叫摊派的现象,王安石趁机请求派孙觉去察看虚实。孙觉接受命令后,又上奏说不愿意去。于是认为孙觉出尔反尔,外调担任广德军知军,改到湖州。松江大堤被淹没,大水给百姓带来灾难。孙觉把大堤换用石头来砌,高一丈多,长一百里,堤下化作良田。调任福州。福建的风俗很看重婚丧,费用没有限度。孙觉(把费用)定为中等程度,使得服装费用不得超过一百贯。命令下达,嫁娶的费用以百位数来计算,葬埋的费用也都减少了十分之五。接连调任亳州、扬州、徐州。徐州盗贼很多,抓到五个杀人者,其中一人还是少年,(孙觉)怀疑并审问他,他说:“我在田野耕地,和甲相遇,他强行把棍子给我,半夜挟持我东去,让我在门口等着,不知道其他情况。”孙觉问吏人:“依照法律该怎么办?”吏人说:“死罪。”孙觉只杀了他们的首领,后来便成为惯例。升任吏部侍郎。提拔为御史中丞,几个月后,因病请求罢官。哲宗派使臣慰劳他,赏赐白金五百两。去世,享年六十三岁。孙觉有德行度量,被王安石所驱逐。王安石退居钟山,孙觉屈驾去叙旧,和他几个晚上从容交谈;等到王安石死去,又作文章来哀悼他,议论的人称赞孙觉。著有《文集》《奏议》六十卷,《春秋传》十五卷。