(生物信息学导论)系统发育树

学生命科学学院Р生物信息数据分析技能培训Р第三天系统发育树的重建Р主要目的Р了解分子进化及系统发育分析?掌握多序列比对方法?熟悉系统发育树建立方法?掌握用Mega软件进行构建系统发育树Р软件РBlast: 找到相似的序列?Clustalx:比对相似的序列?MEGA:画树Р第一部分?blast软件的使用РBLAST (Basic Local Alignment Search Tool)即碱基局部对准检索工具,是一种序列类似性检索工具。它采用统计学记分系统,能将真正配对的序列同随机产生的干扰序列区别开来;同时采用启发式算法系统,即采用的是局部对准算法(Local Alignment Algorithm),而不是全序列对准算法(Global Alignment Algorithm)。РBlast是通过比对(alignment)在数据库中寻找和你的查询序列(query)相似度很高的序列。通俗地说就是在已知的序列数据库中找和你的序列差不多的序列。Рblastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询;??blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询;??blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询;Рtblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询;??tblastx:先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询。РWeb IP:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiР举例子——在线版blastР寻找与人类的FAF1蛋白相似的蛋白质