序列标签EST、微阵列、基因表达连续分析SAGE,转录组学transcriptomics生物体系中所有蛋白及其功能的蛋白组学proteomics研究代谢产物的变化和代谢途径的代谢组学metabolomics*基因组学、转录组学和蛋白组学的局限性:基因组学、转录组学和蛋白组学中DNA、mRNA以及蛋白质的识别是通过已知数据库进行序列比对完成,间接的识别和对比过程。缺乏某mRNA或蛋白质的数据信息时,以上各种组学就只能为人们提供少量的信息。基因组学、转录组学或蛋白组学上的变化与基因变更时在生化层面的表现型改变=?*基因组学和蛋白质组学分别从基因和蛋白质层面探寻生命的活动;基因组的变化不一定能够得到表达,从而并不一定对系统产生影响;某些蛋白的结构、浓度会因故发生变化,但由于蛋白可能不具备活性,从而也不对系统产生影响;由于基因或蛋白的功能补偿作用,某个基因或蛋白的缺失会由于其他基因或蛋白的存在而得到补偿,最后反应的净结果为零;细胞内许多生命活动发生在代谢物层面,如细胞信号释放,能量传递,细胞间通信等都是受代谢物调控的;小分子的产生和代谢是以上系列事件的最终结果,它能够更准确的反映生物体系的状态。**代谢组metabolome:某一时刻细胞内所有代谢物的集合代谢组学--研究代谢组的一门学科,继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的一门学科,系统生物学的重要组成部分。基因与蛋白质的表达紧密相连;代谢物则更多地反映了细胞所处的环境,这又与细胞的营养状态,药物和环境污染物的作用,以及其它外界因素的影响密切相关。*代谢组学--专门研究生物体系受外部刺激后所产生的所有代谢产物的变化,能够更准确地反映生物体系的状态,且位于系统生物学的最下游,是生物体系整体功能或状态最终结果的表现。“基因组学和蛋白质组学告诉你什么可能会发生,而代谢组学则告诉你什么确实发生了。”(BillLasley,UCDavis)