Р2000年9月,财政部、国家税务总局根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》有关“对个人独资企业和合伙企业停征企业所得税,只对其投资者的经营所得征收个人所得税”的规定,指定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》,明确从2001年1月1日起,个人独资企业和合伙企业投资者将依法缴纳个人所得税。Р2004年数据显示,中国个人所得税收入为1 737.05亿元,其中65%来源于工薪阶层。于是,个人所得税的“逆向调节”作用引起了社会各方面的反应。2005年8月23日第十届全国人大常委会第十七次会议首次审议个人所得税法修正案草案。2005年10月27日第十届全国人大常委会第十八次会议表决通过全国人大常委会关于修改个人所得税的决定,将个人所得税费用扣除标准由800元调整为1 600元,决定于2006年1月1日起施行。2005年12月23日,公布《国务院关于修改〈中华人民共和国个人所得税法实施条例〉的决定》,该决定自2006年1月1日起实施。修订后的《中华人民共和国个人所得税法实施条例》规定:单位为个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金,从纳税义务人的应纳税所得额中扣除;纳税义务人有下列情形之一的,应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报:(一)年所得12万元以上的; (二)从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的;(三)从中国境外取得所得的;(四)取得应纳税所得,没有扣缴义务人的;(五)国务院规定的其他情形;年所得12万元以上的纳税义务人,在年度终了后3个月内到主管税务机关办理纳税申报。为确保国家税收规范化,2005年12月28日,国家税务总局发布《个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法》共25条,分别从目的、概念、申报内容、申报期限、申报管理、法律责任等方面明确了扣缴义务人该如何进行扣缴申报,税务机关该如何进行管理。