(行) × 120 (列)的、由简单数字组成的 RFLP 数据矩阵。进行 DNA 标记带型数字化的基本原则是, 必须区分所有可能的类型和情况, 并赋与相应的数字或符号。比如在上例中,总共有 4 种类型,即 P 1 型、 F 1 型、 P 2 型和缺失数据,故可用 4 个数字 1、2、3和0 分别表示之。如果存在显性标记,则 F 2 中还会出现两种情况。一种是 P 1对P 2 显性,于是 P 1 型和 F 1 型无法区分,这时应将 P 1 型和 F 1 型作为一种类型,记为4。另一种情况正好相反,P 2对P 1 显性, 无法区分 P 2 型和 F 1型, 故应将它们合为一种类型,记为 5。对于 BC 1、 DH 和 RI 群体,每个分离的基因座都只有两种基因型,不论是共显性标记还是显性标记, 两种基因型都可以识别, 加上缺失数据的情况, 总共只有 3 种类型。因而用 3 个数字就可以将标记全部带型数字化。在分析质量性状基因与遗传标记之间的连锁关系时, 也必须将有关的表型数字化, 其方法与标记带型的数字化相似。例如, 假设在 DH 群体中, 有一个主基因控制株高, 那么就可以将株系按植株的高度分为高秆和矮秆两大类, 然后根据亲本的表现分别给高秆和矮秆株系赋值,如 1和2 。将质量性状经过这样的数字化处理,就可以与 DNA 标记数据放在一起进行连锁分析。 DNA 标记数据的收集和处理应注意以下问题:(1 )应避免利用没有把握的数据。由于分子多态性分析涉及许多实验步骤,很难避免出现错误,经常会遇到所得试验结果(如 X- 光片) 不清楚等问题。如果硬性地利用这样没有把握的数据, 不仅会严重影响该标记自身的定位, 而且还会影响到其它标记的定位。因此, 应删除没有把握的数据, 宁可将其作为缺失数据处理,或重做试验。(2 )应注意亲本基因型,对亲本基因型的赋值(如 P 1 型为 1,P 2
全文预览
