场畜禽粪由宝变为废弃物。处理、运输、施用不方便,更加剧了畜禽粪直接还田的难度。根据测算,2002年全国畜禽粪便年产生量达到约17.92亿t,其中各种污染成分的年产生量:氮约为1654.2万t;磷约为376.0万t;COD约为6629.4万t,BOD约为5593.5万t。畜禽粪便进入水体流失率高达5%~30%;COD排放总量、粪便中的氮、磷流失量已经超过化肥。我国畜禽粪便的总体土地负荷警戒值已经达到0.49,已表现出一定的环境胁迫水平(小于0.4为宜)。粪污水污染对农业生产产生严重影响高浓度污水灌溉,会使作物徒长、倒伏、晚熟或不熟,造成减产,甚至毒害作物,出现大面积腐烂。规模化畜禽养殖场“肥水”造成周围农作物危害而赔偿的现象经常发生。高浓度污水可导致土壤孔隙堵塞,造成土壤透气、透水性下降及板结,严重影响土壤质量。粪污水污染对畜牧生产产生严重影响在氨的浓度为50–60mg/l的猪舍内饲喂小猪4周,其采食量下降15.6%,增重下降20%,饲料利用率降低18%。当猪舍内氨的浓度达到19.3mg/l时,母猪的繁殖性能就会受到一定影响,小母猪常常表现为持续性不发情。北京、上海两地猪场的调查资料表明,近年来,规模化养殖场的仔猪和产仔母猪的病死率一直居高不下,使用循环污染的地下水是主要原因。规模化养鸡场也发现了同样的结果,近年来鸡的死亡淘汰率也呈现上升趋势,严重地影响了畜牧业自身的发展。饮用水和健康安全受到严重威胁65.4%的人口饮用不合乎标准的水,有48%的地表水源、20%的地下水源达不到标准。淮河流域污染严重地区几年都检不出合格的义务兵,居民的肠道疾病率、癌症发病率(主要肝癌)及婴儿先天性畸变、畸胎的发生率比对照区有明显的增高。畜禽粪尿及废水造成的水体、土壤和空气的严重污染,最终会导致畜禽传染病和寄生虫病的蔓延与发展。人畜共患传染病,其中较为严重的至少有89种,即可由猪传染的约25种。