接着前往就读牛津大学基督教堂学院(ChristChurch)。虽然洛克的成绩相当杰出,他却对大学安排的课程感到相当乏味和不满,他发现一些当时的哲学家例如笛卡尔等人的著作都要比大学里教授的古典教材还要有趣。透过在西敏中学认识的同学理查·洛尔的介绍下,洛克开始将兴趣转向一些实验哲学和医学的研究,并且成为了皇家学会院士。1656年:获得学士学位1658年:获得硕士学位1674年:获得了医学学士的学位1666年:成为沙夫茨伯里伯爵(AnthonyAshley-Cooper)的助手。在1667年搬进了沙夫茨伯里伯爵于伦敦的住所,兼任他的个人医师。在伦敦,洛克在知名医师托马斯·西德纳姆(ThomasSydenham)的指导下继续研读医学,西德莱姆对于洛克在自然哲学上的概念产生极大影响,这种影响可以在后来洛克所著的《人类理解论》一书里发现。随着沙夫茨伯里伯爵的肝脏病情逐渐恶化,洛克所学习到的医学知识也备受考验。洛克负责协调其他几名医师一同参与治疗,并且说服沙夫茨伯里伯爵接受一次开刀手术(开刀在当时本身就是可能致命的)以移除肝脏内的囊肿。手术进行得相当成功,疾病也逐渐复原了,伯爵感激的称赞是洛克救了他一命。在担任沙夫茨伯里伯爵医师的时期,洛克开始撰写一些在后来被出版为《人类理解论》一书的草稿,其中有两份草稿依然保存至今。也是在这个时期洛克担任了伯爵所创建的贸易与种植园事务委员会的秘书,提供伯爵有关国际贸易和经济上的意见。伯爵于1672年被指派为英国大法官(LordChancellor),洛克也随之参与各种政治活动。沙夫茨伯里伯爵身为辉格党的创立者之一,对于洛克的政治思想有极大影响。1674年获得了医学学士的学位1675年,在伯爵于政坛失势后,洛克前往法国旅行在1679年当伯爵的政治情势稍微好转时,洛克又回到了英格兰。也是在这个时期,很可能是出于伯爵的鼓励,洛克开始撰写知名的《政府论》一书。
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