细胞代谢网络的模块化协同进化

细胞代谢网络的模块化协同进化??赵静??上海交通大学生命科学技术学院2008.5.13报告提纲研究背景拓扑模块及其功能模块内部酶的系统发生谱模块的进化年代模块内部酶基因的进化速率人类代谢网络与其随机对照网络的比较讨论数据库信息组织KEGG(45.0版,2008年1月)包括了700个以上物种的代谢、信号转导、基因调控、细胞过程的通路。BioCyc(11.6版,2008年1月)包括了260个物种的代谢通路及基因组数据,其中包括详细注释的大肠杆菌(E.coli)相关信息的数据库EcoCyc。PUMA2(2008年1月)存放了预先计算的超过200个物种的代谢通路信息。BioSilico整合信息的数据库,提供对多个代谢数据库的访问。常用的代谢数据库一个简单代谢网络的不同图表达方式E.coli代谢网络无标度小世界模块化…功能模块:蛋白复合物,信号通路,代谢通路,转录模块网络拓扑模块从不同的角度看模块HarHartwellLH,HopfieldJJ,LeiblerS,MurrayAW:Frommoleculartomodularcellbiology.Nature1999,402:C47-C52.NewmanMEJ,GirvanM:works.PhysicalReviewE2004,69:026113.进化模块?人类代谢网络的绘图法表示Table1拓扑模块及其功能拓扑模块及其功能模块内部酶的系统发生谱参考基因组:115个物种(16个真核,83个细菌,16个古细菌)。再根据NCBI的分类法将这115个物种合并成54个物种类别(taxa)。