败昏庸之官,提拔举荐怀才失意之士。于是任命尚书韩馥为冀州牧,陈留人孔估为豫州刺史,而许靖本人则被提升为巴郡太守,他不就职,被改任为御史中丞。韩馥等人到职后,纷纷举兵反攻京城,打算杀掉董卓。董卓怒斥周毖说:“你们都说应当选拔任用品行高尚之士,我董卓听从你们的计策,不愿违背天下人心。而你们所录用的这些人,上任之日,就掉头来攻击我。我董卓为何要起用这些忘恩负义之徒!”喝令将周毖推出,在城外斩首。许靖害怕董卓诛杀自己,于是逃奔孔估那里。孔估死后,许靖又投靠扬州刺史陈祎。陈祎死后,会稽太守王朗向来与许靖交情深厚,因而前来保护许靖。许靖出于仁厚之心收养抚恤亲族乡邻,经常照料并接济他们。孙策东渡长江,人们纷纷逃往交州躲避战乱,许靖自己坐在江岸上,让随从人员乘船先走,亲属族人都出发后,自己才起身随后跟去,当时看到这一场景的人莫不赞叹。到了交趾郡,交趾太守士燮对许靖格外敬重厚加款待。陈国人袁徽也寄身交州,他给尚书令荀彧写信说:“许文休乃英才伟士,智谋策略足以参与国家大事。自他流落交州以来,与众人生活在一起,每当遇到忧患危急之事,他总是先人后己,与亲族内外的人同饥共寒。他以人伦纲常对待同类,仁义宽厚,都很有收效,只是无法一一陈述而已。”后来刘璋派遣使者征召许靖,许靖由此入蜀。刘璋任命许靖为巴郡、广汉太守。南阳人宋仲子在荆州给蜀郡太守王商写信说:“许文休风流倜傥奇伟不凡,有盖世之才干,您应当把他作为楷模。”建安十六年,许靖调任蜀郡。建安十九年,刘备攻克蜀地,任命许靖为左将军长史。刘备为汉中王,许靖又被拜为太傅。刘备即位称帝,即册封许靖说:“朕得以承嗣帝业,君临天下,日夜惶惶不安,唯恐不能平定四海。百姓未能亲附,五德不彰,你身为司徒,应当谨慎地布施五常教化,使其弘扬光大。你一定要勤勉啊!持之不倦地布施仁德,以满足我的心意。”许靖虽年过七十,仍然喜爱人才,奖掖后进,品评清谈不倦。章武二年,许靖去世。