与比例,种养殖的面积与比例关系到物种间的生态平衡关系,也就是物质能量循环利用的最佳比例,适合的比例是系统成功运行之关键,比方说,多少鱼排出的粪便能为多少菜提供养分,什么微生物种类的培育能够对水质净化产生最佳的生态效果,这些是三者间共生关系建立的前提,也是该系统最为核心的技术基础。第三步,铺设管道安装相关设备与设施形成科学的水循环系统。鱼菜共生系统中,最为科学的设计就是水培用水与养殖用水之间形成一体化的循环体系,而这种循环体系的构建就是通过合理的管道铺设与设计,再加上智能化或自动化的控制设备与部件,组成了自动化的水循环水处理系统,包括养殖池的排废吸污管,加入新水的进水管与经循环处理后的回流管,以及铺于池底的爆气增氧管,这些管组成了养殖池的管道系统。另外,用于栽培的还有,喷雾管道或者浇灌管道,以及经植物根系吸收后的回收回流管道,这些管道系统的设计,让栽培蔬菜的水与养殖的水之间形成了一体循环,达到彼此的生物生态效果。鱼池底部的饲料残渣或者鱼粪便经吸污管抽吸到硝化床,而在硝化床流过后,一部份经石砾过滤,一部份经微生物转化与分解,再流入微生物处理池,这个池是由生物绵为载体并接种多种微生物的处理池,它可以把硝化处理后的污水,进行数十种类微生物的再处理,把一些蔬菜难吸收的大分子有机物分解为易被根系吸收的矿质离子,也是一个矿化池,经微生物矿化池后,再流溢到另一个贮液池,这个池的作用就相当于蔬菜水培的营养液池,它需经过再次的过滤,供给生长着的瓜果蔬菜等植物,可以是水培供液,也可以是气雾培的喷雾供液,使这些处理后的水再供到下一个植物处理系统(即栽培系统),形成了多道多环节综合处理体系,通过植物根系吸收后,回流的水就可入重新注入的养殖池,从而形成了,微生物、植物、鱼间的共生共存关系,这也是鱼菜共生能够勿需增添大量高昂水处理设备的关键所在,把处理功能最为强大的植物,微生物科学地引入到养殖系统中出,
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