我们再在 MP 法与 ML 法的树形中对比,得到两树的共同特点是找到的近邻序列相似,若不考虑枝长的因素下,树形的拓扑结构大致相同。然而 MP 与 ML 法中最大的差异表现在一些非近邻物种间的亲缘关系的远近上,( 如上图中, Ethanoligenens harbinense YUAN-3 与 Clostridium kluyveri DSM 555 ,两图中分别以+ 号表示) ,这显然是考虑树形结构时采用的标准不同导致的, MP 法是树中的进化事件出现次数最小,而 ML 法使用了概率模型来评估变异,分析最大可能。据上所述, 物种树与蛋白序列树显现出了较明显的不一致性, 推测这是由分子进化事件( 即基因重复或丢失) 产生的,下面以 MP 法树形为例分析在 31 条序列中由这种树形的不一致性表现出的直系,并系和异同源。( MP 树) 在上图中,我们可以从分类单元的描述中发现编码固氮酶的基因共有 nif 、 vnf 及 anf 三个基因簇。在基因簇内的不同基因往往是由基因重复事件产生的,如 NIFD 、K、E、N 的依次进化关系, 但同一个基因簇的基因在不同物种中可能会编码不同类型的蛋白,( 如固氮酶的 A、B、C、D 四种类型) 而且若虽同为一个基因簇, 有可能同一属的某一物种编码的蛋白与本属同簇基因编码的蛋白不近邻,但与其他属( 甚至纲) 的蛋白近邻,就要考虑基因的水平转移(如与蓝藻或与古细菌近邻) 。综合考虑,在树就得到了可能的物种分化事件( sp 标出) 、基因重复事件( dp 标出)和水平转移事件( ht 标出), 总结图中的划分依据: 纲与基因簇同时改变或只有基因簇改变记为 dp, 纲改变而基因簇不变视为 ht, 纲与基因簇均为变记为 sp (种属改变) 。所以可以看到, MP 构树中包含了基因分子进化事件的三个复杂的事件,并能推测出可能发生的固氮酶基因的进化历程。
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