,而质量分析器的改善也大大推动了质谱仪器技术的发展。对于牛物质谱来说,最重要的性能是灵敏度、分辨率、质量精度和串级质谱能力。牛物质谱的质量分析器主要有四种:离子阱(Iontrap,IT)、飞行时间(TOF)、四极杆(Quadrupole)和傅立叶变换离子回旋共振(Fouriertransformioncyclotronresonance,FTICR)。它们的结构和性能各不相同,每一种都有自己的长处与不足。它们可以单独使用,也可以互相组合形成功能更强大的仪器。离子阱质谱灵敏度较高,性能稳定,具备多级质谱能力,因此被广泛应用于蛋白质组学研究。不足之处是质量精度较低。最近发展起来的线性(或称两维)离子阱与传统的三维离子阱不同,离子可储存在一个圆柱状的空问内,显著改善了离子阱质谱的灵敏度、分辨率和质量精度【19】。与离子阱相似,傅立叶变换离子回旋共振质谱也是一种可以“捕获"离子的仪器,但是其腔体内部为高真空和高磁场环境。它具有高灵敏度宽动态范围、极好的分辨率和质量精度(质量准确度很容易地小于lppm)。这使得它可以在一次分析中对数白.个完整蛋白的分子进行质量测定和定量。Goodlett等【20】的工作表明通过FTICR.MS测得的单个肽段的精确质量,结合其他一些易得的限制条件,即可通过数据库搜索鉴定蛋白。FTICR.MS的一个重要功能是多元串级质谱。与通常的只能同时选一个母离子的串级质谱方式不同,FTICR-MS可以同时选择几个母离子进行解离,这无疑可以大大增加蛋白质鉴定工作的通量。但是它的缺点也很明显:操作复杂、肽段断裂效率低、价格昂贵等。这些缺点限制了它在蛋白质组学中的广泛应用。MALDI通常与TOF质量分析器联用分析肽段的精确质量,而ESI常与离子阱或三重四极杆质谱联用通过碰撞诱导解离(collision.induceddissociation,CID)获取肽段的碎片信息。3
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