信号转导途径相关的基因家族，参与色氨酸代谢、玉米素合成和油菜素内酯合成等植物激素信号相关基因，这些植物激素信号相关基因均可通过影响细胞分裂和膨大而对萝卜肉质直根膨大发挥积极作用。Р 4.2 与木质素形成相关的基因Р 木质素合成与储藏根发育可能存在一定的内在关系。据报道，在紫薯中表达玉米转录因子Lc会影响储藏根的发育，形成类似牛蒡根的储藏根，薯型细长，但产量及淀粉含量下降。进一步基因表达分析表明转基因植株储藏根中PAL表达显著上调，木质素合成基因4CL、C4H、CAD的表达显著提升;木质素染色及含量测定确证了储藏根木质素的沉积。转基因植株全株β-amylase的酶活明显提高，淀粉降解加速[25-27]。РР 在甘薯的贮藏根中，参与分生组织或形成层发育和淀粉生物合成的基因表达水平显著上调。多种植物激素及其生物合成相关基因在须根和贮藏根之间表现出差异表达。在贮藏根的起始和发育过程中，大量转录因子的表达存在差异，且在转录组和蛋白质组数据之间发现不一致的基因表达，这表明在贮藏根的发育过程中转录后的调节活性[30]发生变化。如萝卜中蔗糖磷酸合成酶基因RsSPSl在肉质根发育的不同时期、不同部位中都有表达，但表达量有明显差异，其中，在膨大后期木质部中表达量明显高于其他时期和部位，可能与根部木质化程度及根膨大相关[31]。Р 4.3 与蔗糖及淀粉代谢相关的基因Р 余如刚[21]在萝卜肉质直根转录组中筛选出参与蔗糖代谢的103个Unigenes;其中蔗糖合成酶、转化酶、蔗糖磷酸合成酶、果糖激酶和己糖激酶是匹配到Unigene数量最高的酶。与此同时，通过构建萝卜肉质直根3个不同时期sRNA文库，分离鉴定到85个已知和13个新型肉质直根膨大相关miRNA及191个靶基因，且部分差异表达miRNA的靶向基因如NF-YA2、bHLH74和EXPA9等在胡萝卜肉质直根膨大过程中发挥重要作用。
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